LUŠTINEC, J., ŽÁRSKÝ, V.: Úvod do fyziologie vyšších rostlin. Nakladatelství Karolinum, 2003. ISBN 80-246-0563-5 - dostupné po přihlášení do Digitální knihovny pomocí univerzitní identity; vybrané kapitoly též pod odkazem "materiál" u některých přednášek.
PAVLOVÁ, L., FISCHER, L.: Růst a vývoj rostlin. Nakladatelství Karolinum, 2011. ISBN 978-80-246-1913-2
Vymezení předmětu studia: co jsou rostliny - historický a současný pohled s exkursem do vývoje názorů na evoluci eukaryot. Vztah rostlin k jiným fotosyntetisujícím organismům (sekundární endosymbiosy). Běžné rostlinné a "rostlinné" experimentální modely: kam patří a co representují (s důrazem na specifika příslušných evolučních linií, i v porovnání s dalšími významnými skupinami rostlin). Rostlinný genom jako dynamická struktura v měřítku fylogenetickém (a někdy i kratším - agrobakterie a jejich aplikace, genotrofy a pod.). Kolinearita genomů, polyploidizace jakožto evoluční mechanismus významný v rostlinné říši, dynamika repetitivních sekvencí, stěhování genů mezi organelami a jádrem.
Rostlinná buňka a její genom(y). Struktura a kompartmentace rostlinné buňky s důrazem na rysy sdílené s jinými eukaryotními liniemi versus "rostlinná specifika". Membrány, jejich funkce, role, vzájemné vztahy a proměny buněčných kompartmentů. Mechanická role turgoru. Plastidy jakožto specificky rostlinné organely, jejich životní cyklus. Cytoskelet a buněčná stěna, pohyb organel. Tvar buňky jako výsledek koordinace endomembránového systému, cytoskeletu, buněčné stěny a vakuoly. Buněčný syklus - rostlinná specifika (zejm. v cytokinezi). Xylem jako modelový příklad extrémní buněčné diferenciace zahrnující i smrt buňky.
Modelová semenná rostlina v prvním přiblížení - stavba a ontogeneze (více méně příklad Arabidopsis thaliana). Rodozměna, pohlavní rozmnožování a životní cyklus. Principy určení buněčného osudu, rozvrh rostlinného těla, meristémy, organogeneze (včetně modelového příkladu rozvrhování květních orgánů). Struktura rostlinných pletiv (symplast a apoplast), stavba těla a jeho typických orgánů. Průběžně ilustrováno vybranými příklady využití mutantů v rostlinné biologii.
Ontogeneze - cesta od semene k semeni. Strukturní a regulační aspekty. Udržování a kontrola funkce apikálních meristémů,funkce a transport regylačních působků (fytohormonů), zvláště auxinu, v ontogenezi (apikální dominance, diferenciace vodivých pletiv, fylotaxe), strigolaktonová regulační dráha. Algoritmická povaha rostlinné ontogeneze, její modelování.
Rostlina v kontextu prostředí I: ontogenetické odpovědi na vnější vlivy. Světlo jako signál, fotomorfogeneze, skotomorfogeneze, etiolace. Regulace kvetení, podmínky přechodu z vegetativní do generativní fáze, kontrola délkou dne, vernalizace. Jiné modifikace ontogeneze prostředím - mechanické vlivy (aneb jak udělat z kapusty strom), symbiózy.
Rostlina v kontextu prostředí II: stres a jiné bezprostřední reakce. V jakém smyslu lze (nebo naopak nelze) u rostlin uplatňovat původně živočišnou koncepci stresu. Strategie a vybrané příklady odpovědi rostlin na nepříznivé podmínky (včetně biotických) a doklady pro (přece jen) existenci univerzální stresové odpovědi.
Metabolismus, zejména primární (energetický), a jeho kompartmentace v rámci buňky i těla.Toky energie a živin v rostlině. Fotosyntéza: zachycení fyzikální energie a její přeměna na chemickou, fotosyntetické struktury, pigmenty, náhled do evolučního pozadí. Fixace CO2 - Calvinův cyklus, fotorespirace - C3, C4 a CAM rostliny v kontextu prostředí. Osudy asimilátů - metabolismus sacharózy a škrobu. Dýchání - rostlinná specifika respirace (např. kyanid-rezistentní dýchání).
Materiál - respirace
Transport látek floemem, prostorová a časová distribuce asimilátů, vztahy zdroj - sink. Hospodaření s vodou a minerálními živinami: voda, obecné mechanismy příjmu a transportu, vztah kořen-list, vodní potenciál, transpirace (současné problémy klasické kohezní teorie, regulace průduchů), ekofyziologický kontext (např. mykorrhiza).
Materiál - vodní provoz
Materiál - floem
Minerální výživa: asimilace a funkce jednotlivých živin, praktické aplikace (fytoremediace). Metabolismus dusíkatých látek včetně vybraných sekundárních metabolitů - jejich syntéza a funkce v buňce i na organismální úrovni (barviva, látky s funkcí stavební či obrannou/např.jedy/), praktické využití.
Materiál - minerální výživa
Materiál - sekundární metabolitsmus
Rostlinné signální molekuly, zvláště klasické "fytohormony" : historie objevů, funkce, chemická povaha, cesty syntézy a degradace.Metabolity jako prostředky komunikace či jiného ovlivňování nablízko (v rámci pletiva či orgánu) a na dálku (mezi jedinci, i odlišných druhů či dokonce vzdálených evolučních linií)
Úloha rostlin v ekosystémech včetně globálního. Rostliny v kolobězích vody a CO2, paleontologické doklady pro biogenní změny globálního klimatu související s fotosyntézou (kyslíková katastrofa), autoregulace v ekosystémech.Rostliny a lidstvo - od neolitické revoluce až po politické spory kolem genových manipulací.