1/ Barviva
Extrakce a chromatografie plastidových barviv, spekrofotometrické stanovení absorpčních spekter, podmínky přenosu elektronu na akceptor, chromatografie a identifikace vakuolárních barviv.

2/ Fotosyntéza a dýchání
Měření rychlosti fotosyntézy a dýchání u C3 a C4 rostlin, stanovení kompenzační koncentrace CO2, využití rychlé kinetiky indukované fluorescence k detekci raných fází stresu fotosyntetického aparátu, lokalizace škrobu v listech.

3/ Vodní provoz
Stanovení osmotického potenciálu, vliv vodního stresu na transpiraci, čistou fotosyntézu a vodivost průduchů.

4/ Minerální výživa
Vliv nedostatku dusíku na růst a vývoj kukuřice a na účinnost fotosyntézy, stanovení listové plochy pomocí obrazové analýzy Lucia, projevy deficiencí jednotlivých prvků, určení deficiencí jednotlivých prvků pomocí expertního systému Fytotrof.

5/ Fytohormony
Efekty fytohormonů na růst a vývoj.

6/ Kultivace in vitro
Podmíny kultivace na živných médiích. Pasážování. Stanovení viability.

7/ Mykorhizní symbióza
Kultivace a pasážování mykorhizních hub v podmínkách in vitro, anatomická a morfologická analýza mykorhizních hub a kořenů rostlin kolonizovaných mykorhizními houbami

8/ Samčí gametofyt - fosfolipázová signalizace ve vrcholovém růstu.