Přednáška z Anatomie a fyziologie rostlin
| datum |
11.11.2008
|
| přednáší |
Doc. Ing. Jaroslav Doležel, DrSc. (ÚEB AV ČR, Praha)
|
| název |
Je reálné sekvenovat obrovské genomy obilovin?
|
| anotace |
Díky nástupu nové generace DNA sekvenátorů se začíná uvažovat o čtení složitých genomů
obilovin tribu Triticeae, zejména ječmene (5000 Mbp), pšenice (17000 Mbp) a žita (8000
Mbp). Primárním cílem je pochopit molekulární podstatu regulace výnosu, kvality produkce a
rezistence vůči biotickému a abiotickému stresu a vytvářet teoretické základy pro šlechtění
pomocí moderních metod. Získané údaje umožní objasnit změny genomu doprovázející
domestikaci a analyzovat jeho změny při mezidruhové hybridizaci a polyploidizaci, které jsou
častými mechanismy speciace rostlin. Pokrok ve čtení genomů je podmíněn zaváděním
automatizovaných postupů, kterých využívá strategie tzv. whole genome shotgun sequencing.
Ta produkuje sekvence malých fragmentů DNA, které však obvykle nejsou použitelné pro
rekonstrukci velkých a složitých genomů. Důvodem je přítomnost repetitivních sekvencí
DNA, duplikací a u některých druhů rovněž polyploidie. V naší laboratoři jsme vypracovali
strategii, která umožňuje řešení tohoto problému. Nový postup spočívá v rozdělení genomů na
malé a definované části představované jednotlivými chromozómy, resp. jejich rameny.
Chromozómy jsou tříděny pomocí průtokové cytometrie, která jako jediná metoda je schopna
analyzovat chromozómy velkou rychlostí a třídit je s vysokou čistotou. Tak je například
možné rozdělit genom pšenice na malé části o velikosti 200 - 500 Mbp (1 - 3% genomu)
odpovídající velikosti genomu rýže, který byl již téměř celý sekvenován. To otevírá možnost
sekvenovat genomy pro menších částech a rovněž sestavit jejich fyzické mapy. Rozdělení
genomu na chromozómy a jejich ramena velmi usnadňuje mezinárodní spolupráci.
|
| materiály |
pozvánka (PDF)
životopis přednášejícího (PDF)
|
| fotogalerie |
.jpg)
|
|
