datum	10.3.2015
přednáší	prof. Ing. Jaroslav Doležel, Dr.Sc. (Laboratoř molekulární cytogenetiky a cytometrie, ÚEB AV ČR Olomouc, Centrum regionu Haná, Katedra buněčné biologie a genetiky UP Olomouc)
název	Chromozómová genomika rostlin: metody a využití
anotace	Získávání referenčních sekvencí složitých genomů je i navzdory pokroku ve vývoji sekvenačních metod velmi obtížné. Problémem není kapacita nových metod sekvenování, ale relativně malá délka čtených sekvencí, což neumožňuje sestavovat oblasti bohaté na repetitivní DNA. Jednou z možností jak analýzu složitých genomů zjednodušit je rozdělit je na chromosomy a ty sekvenovat odděleně. Vedle snížení velikosti a složitosti vzorku tento postup odstraňuje problémy způsobené polyploidií. Pro tuto strategii se vžil termín chromosomová genomika. Chromosomy lze pomocí průtokové cytometrie třídit rychlostí několik desítek za vteřinu. Tento postup nepoškozuje DNA a izolované chromosomy jsou vhodné pro přípravu vysokomolekulární DNA. To se využívá při konstrukci optických map a chromosomově specifických knihoven velkých inzertů klonovaných ve vektoru BAC. Takové knihovny byly připraveny pro všechny chromosomy pšenice a slouží pro sestavování fyzických map, sekvenování genomu této plodiny pomocí BAC-by-BAC strategie a pro klonování důležitých genů. Význam chromosomové genomiky dále vrostl poté, co byly vypracovány metody reprezentativní amplifikace DNA tříděných chromosomů. Sekvenování amplifikované chromosomové DNA metodami nové generace usnadňuje vývoj DNA markerů pro konkrétní chromosomy, umožňuje rychlou identifikaci genových sekvencí na daném chromosomu a následně komparativní genomové analýzy, včetně studia evoluce genomů. Znalost takzvaného genetického plánu usnadní vývoj molekulárních značek (markerů), na nichž jsou založeny nové metody šlechtění využívající metody molekulární biologie a genomiky. To představuje významný krok k dosažení konečného cíle Mezinárodního konsorcia pro sekvenování genomu pšenice (IWGSC), jímž je úplné přečtení dědičné informace. Ta je u pšenice, jež vznikla ze tří planě rostoucích travin, pětkrát větší než u člověka. Od této chvíle se otevírají dříve nepředstavitelné možnosti analýzy struktury a mapování velké a složité dědičné informace pšenice. Zdroj: http://ceskapozice.lidovky.cz/vedecky-prulom-cechu-odemkli-genom-psenice-f23-/tema.aspx?c=A140718_152605_pozice-tema_paja Vědecký ředitel Centra regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum profesor Jaroslav Doležel v listopadu 2014 převzal Cenu ministra školství za mimořádné výsledky výzkumu, experimentálního vývoje a inovací. http://m.zurnal.upol.cz/mobile/prf/zprava/clanek/jaroslav-dolezel-ziskal-za-vyzkum-cenu-ministra/?isMobile=1 Mayer, K. F., Rogers, J., Doležel, J., Pozniak, C., Eversole, K., Feuillet, C., ... & Ayling, S. (2014). A chromosome-based draft sequence of the hexaploid bread wheat (Triticum aestivum) genome. Science, 345(6194), 1251788.
materiály	životopis přednášejícího pozvánka (PDF)

2007-2015 © ebr@natur.cuni.cz