Přednáška z Anatomie a fyziologie rostlin
| datum |
16.3.2010
|
| přednáší |
Dr. Milan Gryndler (Mikrobiologický ústav AVČR, v.v.i.)
|
| název |
Chcete vědět co máte v květináči? - zkuste fragmentovat DNA!
T-RFLP a její využití při studiu společenstev hub
|
| anotace |
Půda obsahuje složité společenstvo mikroorganismů, které může být studováno různými způsoby, například kultivačními metodami nebo metodami molekulárně genetickými. Na rozdíl od kultivačních metod, které mohou odhalit přítomnost pouze laboratorně kultivovatelných složek půdní bioty, metody založené na molekulárně genetických postupech dokládají přítomnost mnohem širšího spektra organismů. Takto jsou používány metody založené na hodnocení sekvence nukleotidů určitých úseků DNA (sekvenování či hybridizační postupy) nebo metody založené na specifické fragmenaci DNA restrikčním štěpením. Posledně zmíněné, fragmentační metody jsou relativně levné a jsou proto poměrně často používány. Jsou však zatíženy některými problémy, které ztěžují interpretaci výsledků, a jejichž existence si experimentátor musí být dobře vědom. Často je používána zejména metoda hodnocení polymorfizmu terminálních restrikčních fragmentů (T-RFLP), která poskytuje velké množství dat. Je velmi výhodná pro hodnocení diverzity mikroorganismů a to nejen těch půdních. Její použití je vhodné všude tam, kde očekáváme složitá mikrobiální společenstva. Osvědčila se mj. při studiu mykorhizních hub a je mocným nástrojem při hodnocení interakcí složek společenstva mykorhizních hub s různými půdními charakteristikami.
|
| materiály |
pozvánka (PDF)
|
| fotogalerie |
|
|
