Botanická mikrotechnika:
Přednášející: Aleš Soukup
Kód: B130P32
Rozsah: (2/2, Z,Zk)
Přednáška by měla poskytnout přehled o teorii a základní metodice botanické mikrotechniky. Studenti by si v ní měli osvojit vědomosti a praktické dovednosti které budou základem jejich další samostatné diplomové i následné vědecké práce. Hlavní dílčí témata kurzu v sobě zahrnují:
· mikroskopické preparáty a jejich příprava:
o různé typy preparátů (trvalé, dočasné, vitální, repliky) a jejich odlišné využití a vlastnosti;
o fixace (fixační činidla ,mechanismus jejich působení a vliv na vlastnosti objektu)
o dehydratace; zalévací média, infiltrace
praktické cvičení: Demonstrace různých způsobů fixace a srovnání jejich výsledků, odběr vzorků pro zalití do parafínu, jejich fixace, dehydratace a infiltrace.
· řezání rostlinných objektů v mikrotechnice:
o mikrotomy (ruční, rotační, sáňkové, kryotom);
o nůž jeho údržba a použití
o příprava čerstvých řezů (volnou rukou, ruční mikrotom, kryotom)
o příprava parafínových a „plastikových“ řezů
o nastavení mikrotomu
o "žehlení" řezů a jejich lepení na sklíčka
praktické cvičení: řezání objektů zalitých v parafínu, diskuse nad obvyklými chybami a jejich řešení, zadání individuálních projektů
· základy světelné mikroskopie a mikrofotografie:
o vysvětlení základních pojmů, složení mikroskopu
o seřízení mikroskopu (Köhlerův princip)
o údržba mikroskopu
o techniky světelné mikroskopie (DIC, fluorescence, konfokální mikroskopie)
o mikrofotografie (digitální i klasická, exposiční korekce, použití filtrů)
praktické cvičení: seřízení mikroskopu podle Köhlerova principu, demonstrace seřízení epifluorescenčního osvětlení, příprava čerstvých řezů a jejich pozorování při různých technikách světelné mikroskopie (DIC, polarizace, epifluorescence), mikrofotografie – dokumentace pozorovaného obrazu digitální kamerou
· barvení preparátů (princip a metodika):
o barviva (systém dělení, chemická povaha);
o vazba barviva na cílovou strukturu;
o interpretace výsledků barvení
o vybrané barvící postupy
praktické cvičení: barvení parafínových řezů z předchozí části, diskuse nad získanými preparáty
· základní přehled histochemických metod v bot. mikrotechnice:
o co je a není histochemická detekce; kontrolní řezy
o vliv předchozího ošetření (fixace)
o interpretace získaných výsledků
o vybrané postupy
praktické cvičení: vybrané postupy histochemické detekce (peroxidáza – DAB, toluidinová modř – metachromasie, Millonova reakce, sudan, HCl-Floroglucinol) na čerstvých (nebo fixovaných) řezech získaných pomocí ručních mikrotomů.
· editace a analýza digitálního obrazu:
o digitalizace obrazu a jeho parametry
o editace digitálního obrazu (optimalizace, filtrace,...)
o analýza obrazu (binární obraz, prahování, extrakce dat, dostupný software,...)
praktické cvičení: editace nasnímaného obrazu, kalibrace, příprava pro prezentaci, základní seznámení se s programem Lucia pro analýzu obrazu, prahování a tvorba binárního obrazu, měření některých charakteristik objektů
Podmínky zápočtu: zpracování samostatného studentského projektu (viz výše) dokumentace, zhodnocení a prezentace těchto výsledků.
Podmínky zkoušky: přehled a znalost obsahu přednášky + schopnost prakticky jej použít a demonstrovat